Harbor Reef es un refugio para una gran variedad de especies marinas, gracias a sus condiciones calmadas y la abundancia de coral blando y duro. En las áreas más cercanas a los corales, los buceadores pueden observar peces loro, meros juveniles y coloridos peces ángel que patrullan la zona en busca de alimento. Las rayas águila suelen nadar a lo largo del fondo arenoso, mientras que las tortugas marinas son vistas descansando cerca de las áreas más tranquilas del arrecife. Además, es posible encontrar bancos de peces tropicales que se mueven en sincronía, creando espectáculos fascinantes. Las pequeñas grietas y cavidades en el coral proporcionan refugio a camarones, cangrejos y morenas, lo que permite a los buceadores apreciar una amplia gama de comportamientos marinos. En las noches, el arrecife cobra vida con la actividad de peces nocturnos, como peces cardenal y peces ardilla.